为了维护和合理应用食用菌种质资源，规范食用菌种类选育及食用菌菌种（以下简称菌种）的消费、运营、运用和管理，依据《中华人民共和国种子法》（以下简称《种子法》）等相关法律规则，农业部制定了《食用菌菌种管理方法》（以下简称《管理方法》），从技术层面上主要应明白以下几点：
种类选育 依照食用菌种类选育技术规范，选育1个优秀种类，普通需求至少3年，少数种类需求5~7年，需求高科技、高智慧、高投入。也正由于如此，植物新种类才成为国际供认的知识产权方式。多年来，我国广阔食用菌育种迷信任务者选育出了相当数量的食用菌优秀种类，但仍远远不能满足产业开展的需求。调查标明，很多单位和团体所谓的“育种”多停留在相互引种，惯例实验比拟挑选水平，经济性状优秀的种类自行冠名，招致少量的同物异名，育种者利益得不到保证，消费运用菌种混乱。为了廓清菌种混乱，《管理方法》要求境外引进菌种要送至中国农业微生物菌种保藏管理中心保管；选育的新种类可依法央求植物新种类权；鼓舞育种者央求种类认定；种类要有适当的称号，详细的命名规范，将由农业部经过正式公布《食用菌种类选育技术规范》规范来规范。其中明白规则了称号除要契合《中华人民共和国植物新种类维护条例》外，还要表现食用菌的物种、表意清楚真实，不可夸张理想，不可惹起歧义，总之种类称号要表现种类的特性特点。
种类认定 种类认定是对种类经济性状的鉴定，对其应用价值的评价。依据我国国情，我国农作物种类实行审（认）定制度，这一制度有效推进了优秀种类的选育和劣种化进程。依照《种子法》和《管理方法》，我国食用菌新种类实行自愿认定，为此成立了全国食用菌种类认定委员会，设立了办公室（设在全国农技中心），起草了食用菌认定的相关系列文件，相关认定任务末尾启动。食用菌种类认定的顺序为：申报→指定机构的特异性和经济性状测试→认定委员会认定 →注销公告。食用菌种类认定任务的展开，必将有力
促进我国食用菌菌种劣种选育任务，促进菌种质量的提高，促进食用菌产业的开展。
菌种的繁育体系分级 依据食用菌菌种无性繁衍、生长快变异快的生物学特点，同时思索到我国菌种消费规模小、消费分散、少数菌种场设备设备粗陋、技术水平低、菌种质量总体低下的实践状况，为了防止有限扩展繁衍招致菌种变异、保证菌种质量，《管理方法》和相关技术规范规则，我国食用菌菌种为母种（一级种）、原种（二级种）、栽培种（三级种）繁育体系。所谓母种，是指选育失掉的具有结实性的菌丝体纯培育物及其继代培育物，它是食用菌的动身种；所谓原种，则由母种移植、扩展培育而成；所谓栽培种，则又由原种移植、扩展培育而成，我们往常所吃的食用菌，是由栽培种作为消费用种接种生长而来。《管理方法》对各级菌种场都有详细的资质要求规则。
菌种消费技术的规范性要求为了增强《管理方法》的可操作性，要求菌种消费和运营要契合农业部《食用菌菌种消费技术规程》（以下简称《规程》）的要求。依据《规程》，菌种消费的规范性技术要求包括技支出员、场地、厂房设置和规划、设备设备、运用种类和扩展繁衍、消费工艺流程、进程技术等。
技支出员要求与消费菌种的级别相顺应，有省级人民政府农业行政主管部门考核合格的检验人员和消费技支出员；场地要求地势高燥、通风良好、排水疏通、交通便利；至少300米内无规模养殖的畜禽舍，无渣滓（粪便）场，无污水源，无少量扬尘源（如水泥厂、石灰厂、沙石厂、木材加工厂等）。厂房设置和规划要求摊晒场、原料库、配料分装场（室）与要求无菌或高度洁净的冷却、接种和培育等场所相隔离，同时各类房屋设备的设计和建造要契合食用菌菌种消费的技术需求。设备设备以《规程》对菌种场应具有的设备设备及其功用和平安性停止的详细规则来要求。运用种类和扩展繁衍要求种性清楚的种类，鼓舞运用省级以上认定种类，明白规则不可运用来源不清、种性不清的菌种，更不可运用消费性
状未经系统实验验证的组织分别物做种源消费菌种，并要求从具消费资质的供种单位引种。这为经过认定的优秀种类的推行、保证运用种类性状优秀、保证菌种质量，提供了法律保证。
《管理方法》和《规程》规则，上一级菌种场可以消费其以下级别的菌种，而下级菌种场不可消费其以下级别的菌种。这就是说，下一级菌种消费必需运用上一级菌种作为种源。而且各级菌种的扩展繁衍量有相应规则，即每支母种扩展原种不超越6瓶（袋），每瓶（袋）原种扩展栽培种不超越50瓶（袋），栽培种不可再扩展菌种，只能用于栽培，这也是质量监视评判的重要技术依据。
为了便于执法监视，防止冒充菌种进入流通，规则接种终了后加贴标签，而不可出售前贴标签。为了保证质量，要求各环节详细记载，每批菌种都要留样备查，至该批菌种出第一潮菇（耳）。留样要求菌种场必需具有冷库，否则这一要求无法完成。
菌种质量保证体系《管理方法》要求各消费运营单位和团体都要有菌种消费运营质量保证制度，实践上这是一套质量保证体系，包括人员与岗位管理、环境维护、设备设备维护和运用、工艺与技术参数、反省与记载、进程流转、贮存运输、信息反应与埋怨处置（产品流向、售后效劳、追溯机制等）、顺序化控制的管理体系等。任何一个菌种消费单位和团体，在具有《管理方法》要求的各项条件的前提下，仔细执行《食用菌菌种消费技术规程》，有严厉有效的质量保证体系，其质量效果就有了可追溯性，以便及时纠正，就可以向广阔栽培者提供有质量保证的合格菌种。