上海证券交易所在推行全面指定交易制度后，对投资者办理查询手续作了相应调整。
就查询而言，只要投资者在某一证券营业部办理了证券帐户的指定交易，他就可于办理指定交易的次日起凭“二证”（身份证、证券帐户卡）到指定交易所属证券营业部进行有关证券余额的查询，或通过证券营业部的电脑、电话自行完成证券帐户的各项查询。
为方便券商核对投资者证券帐户的登记开户资料，上证中央登记结算公司将向券商传送已办理指定交易的投资者证券帐户的登记开户资料，并在每个交易日闭市后向券商传送当日所增指定交易与撤销指定交易的投资者证券帐户的登记开户资料，其中包括证券帐号、投资者姓名、身份证号、席位号、指定席位号、联通席位号、操作代码（指定与撤销指定的代码）、传递日期。
证券营业部在投资者办理指定交易的当日，受理其买卖证券的委托，但该投资者证券帐户的指定信息还未由上证登记结算公司传给相关证券营业部，故投资者指定交易当天的查询，仍只是上个交易日的记录数。投资者如对在券商处取得的查询结果存在的异议，可向当地上证登记结算公司委托的证券登记机构进行查询。