在蚯蚓养殖进程中，蚯蚓饲料（家禽粪便、酒糟、蔗渣、剩余饭菜、废血和植物内脏等）的发酵处置是个关键，如饲料没有发酵或发酵不彻底，将发生有害气体，酸碱渡过高或过低，都能够使蚯蚓逃逸、不产茧甚至死亡。应用EM原液对粪料停止发酵处置，粪料发酵时间大大延长，异味降低，而且饲料发酵好以后，pH值自然会到达6.5～7.5，不用调理，直接就可以饲喂，饲料应用率大大提高，蚯蚓产茧多，繁衍快，产量提高2～3倍。方法如下：
一、架堆
用稻草、秸秆（裁成小段更好）先铺一层（厚10～15厘米）干料，然后在干料上铺粪料（4～6厘米厚），如此重复铺3～5层，每铺一层用喷水壶喷水（EM原液就在此时参与粪堆中，一吨粪料需求EM10公斤兑水100公斤左右），直至水渗出为好；如采用渣滓，一层渣滓一层粪，长宽不限，并用薄膜盖严；假设用100%粪料，先把粪料晒至五六成干后架堆，用EM兑水淋湿，用薄膜盖严。
二、翻堆
在气温较高的时节，普通第2天堆内温度就会清楚上升，4～5天可升至60℃～70℃，以后逐渐下降，当堆内温度降至40℃时（这个进程需12天）则停止翻堆，把下面翻到下面，两边翻到中间，并再参与EM稀释液。冬天翻堆2～3次，夏天翻堆1次。
三、投喂
饲料发酵完毕后，扒开饲料淋水散热后即可运用，投喂时普通采用上添法和侧喂法，上添法就是把饲料铺盖在原有已被蚯蚓吃过的饲料上，每10～15天停止1次；侧喂法就是取出局部已吃完的饲料再把新饲料添在一边，下次添加另一边。