专利法第九十条规定的“附加费”，认为规定不够明确，容易成为“开放性的收费的口子”。如果只看实施细则第九十条的规定，确实不易搞懂其具体所指；但《专利审查指南》和《国家计委、财政部关于调整专利收费标准的通知》非常清楚地规定，这两项费用仅包括权利要求附加费和说明书附加费。权利要求附加费是指专利申请中权利要求超过10项后，从第11项起每项增收的费用。说明书附加费是指专利申请说明书超过30页，从第 31页起每页增收的费用。
设立这项费用的原因是，大多数申请只有几项权利要求、十几页，而少数复杂的申请权利要求多达几十项甚至数百项，说明书多达数百页甚至上千页，而审查员在审查过程中要对每一项权利要求和每一页说明书逐一审查，审查工作量相差太多，从公平角度讲，增加费用是可以理解的。如前分析，该项费用并不是所有申请都需要缴纳的，而仅仅是针对上述特殊情况。
另外需要指出的是，我国的专利收费在世界上相对是比较低的，这是由我国的国情决定的。尽管如此，也难免会使一些发明人在其发明创造市场化之前难以承受。为了解决这一问题，我国专利制度在建立之初就设立了专利费用减缓制度。现行专利法实施细则第九十八条规定：“申请人或者专利权人缴纳本细则规定的各种费用有困难的，可以按照规定向国务院专利行政部门提出减缴或者缓缴的请求。减缴或者缓缴的办法由国务院专利行政部门商国务院财政部门、国务院价格管理部门规定。”
国家知识产权局于2006年10月12日颁布了新的《专利费用减缓办法》（第39号令），明确规定了费用减缓的条件和程序。其中申请费、发明专利申请审查费、年费（第1至3年度）、发明专利申请维持费和复审费都可以申请减缓。
如果申请人是个人，80％至85％的上述费用可以申请获得减缓；如果申请人是单位，60％至70％的上述费用可以申请获得减缓。举个一般情况的例子来说明，某个人申请一项发明专利
，根据一般程序必须缴纳的费用包括：申请费、公布印刷费、实质审查费、专利登记费、公告印刷费、维持费和年费。这些费用经过减缓后共约1010元。如果申请的是实用新型或外观设计专利，根据一般程序必须缴纳的费用包括：申请费、专利登记费、公告印刷费和年费，这些费用经过减缓后共约370元。这样的收费标准，即使对那些经济较为困难的发明人来说，也是不难承受的。此外，很多省份还设立了诸如专利申请、专利技术转化实施等专项资助资金，建立了专利技术信息平台，通过这些措施帮助发明人解决申请专利、转化实施专利技术过程中遇到的困难。
该文章中描述“申请专利需要缴纳的费用多如牛毛”，事实并非如此，专利法实施细则第九十条列出了所有可能发生的费用，共计18项，除此之外不会收取任何费用。下面对这一问题进行解释。
首先需要明确的是，每一项专利申请并不需要缴纳所列所有费用。实践中，很多专利法及其实施细则规定的程序未必是每一项专利申请必经的程序。
例如，一件申请如果没有申请复审、没有变更著录事项，根本就不需要缴纳复审请求费、著录事项变更费。打个比方说，这一点有些类似医院的收费目录，里面列了几百项治疗的收费标准，但并不是每一位去看病的人都要按表缴纳所有费用，而是你做了哪项治疗缴纳哪项的费用。因此文章将细则第九十条所列所有费用理解为每项专利申请都应当缴纳的费用，可能是不了解专利程序造成的误解。另外诸如无效宣告请求费、中止程序请求费、强制许可请求费等是第三方当事人应当缴纳的费用，不是针对专利申请人的收费；印花税是国家知识产权局代扣代缴的国家税收。
第二点需要说明的是，为什么将专利申请的费用分解成这么多项，而不实行一费制呢？我国专利法之所以将该费用分解成很多项，是从公平角度来考虑的。熟悉专利申请程序的人知道，一项专利申请要经历很多程序，每一项专利申请由于其具体情况不同，所经过的程序并不
完全一样，其中不少程序是不一定经过的。例如，如果申请人在实质审查程序前发现自己的发明创造不具备新颖性或者不具有市场前景，可以申请撤回或放弃其专利申请，那就不会经过实质审查程序。
将费用按照不同程序划分成若干项，对于不经过的程序或没有发生的事项，申请人就不必缴纳该项费用了。世界上也有国家实行一费制，也就是申请人从提交申请到授权只缴纳一次费用。但如果发生上述情况，未经过的程序也都缴纳了费用，对某些申请人来讲可能是不公平的。这一点类似公共汽车收费，一费制和按站计费各有优缺点。路途短的实行一费制较为可行，效率高；而路途较长的实行按站计费较为公平。国家知识产权局目前也正在就专利费用问题进行专项调查研究，以便不断完善专利费用体系，达到公平和效率最佳的结合点。